Trois sociétés de mission vont se succédées pour donner naissance à L'EEC:
1) La mission Baptiste de Londres (1844-1886) par la Jamaïcain Joseph Mérrik quis’occupa de l’évangélisation de la côte.
2) La mission de Bâle (M.B), 1886-1915, qui évangélisa l’arrière pays suivant deux directions (Nord et Ouest).
3) La mission de Paris (M.P) 1917-1957 qui lui octroierait son autonomie le 10 mars 1957 au temple du centenaire à Douala.
L'EEC est fille de l'Eglise réformée de France qui est une branche de la reforme calviniste. Son organisation est de type synodale. C'est à dire qu'à tous les niveaux, les décisions sont prises collégialement. D'autre part le synode est l'instance suprême de l'Eglise. Aussi, avec la participation active des Anciens d'église ou presbytes représentés à tous les niveaux. Notre type d'Eglise est finalement presbytéro-syndale.
L'EEC a 21 régions synodales actuellement :
1- Région synodale de Bamboutos et Nord-Ouest ;
2- Région synodale du Centre-Sud 1 ;
3- Région synodale du Centre-Sud 2 ;
4- Région synodale de l'Est ;
5- Région synodale du Grand-Nord ;
6- Région synodale du Haut-Nkam ;
7- Région synodale des Hauts-Plateaux ;
8- Région synodale du Koung-Khi ;
9- Région synodale de la Menoua ;
10- Région synodale de la Mifi ;
11- Région synodale du Moungo-Centre ;
12- Région synodale du Moungo-Nord ;
13- Région synodale du Moungo-Sud ;
14- Région synodale du Ndé, Mbam et Inoubou ;
15- Région synodale du Nkam ;
16- Région synodale du Noun-Nord et Mayo Banyo ;
17- Région synodale du Noun-Sud ;
18- Région synodale de la Sanaga-Maritine et Océan ;
19- Région synodale du Wouri Centre ;
20- Région synodale du Wouri-Nord et Sud-Ouest ;
21- Région synodale du Wouri-Sud.
A la base le lieu de culte qui évoluera en Annexe qui évoluera à son tour en paroisse. Plusieurs paroisses dans une localité forment un District et plusieurs districts une Région synodale. Le Synode Général qui se réunit une fois par an est l'organe suprême où siègent les anciens et pasteurs élus dans les régions synodales. Entre deux synodes généraux, il y a la Commission Exécutive de l'Eglise Evangélique du Cameroun (EEC).
